La policía indonesia ya había responsabilizado al grupo armado Jemaah Islamiyah por los atentados que el 12 de octubre de 2002 causaron la muerte a 202 personas -la mayoría turistas extranjeros- en una discoteca de Bali. Abu Bakar Bashir, su líder, fue arrestado luego de los ataques, pero si bien no se logró probar su relación con estos ataques,  sí se lo acusó de estar implicado en la serie de atentados con bomba contra varias iglesias en la navidad del año 2000, cuando 19 personas perdieron la vida.

De acuerdo a la denuncia presentada en la Corte Central de Jakarta, Bashir conspiraba para “establecer el Estado Islámico de Indonesia y derrocar el gobierno de la República de Indonesia”. Director de una escuela coránica en Java, Bashir, de 64 años, insiste en que su organización no tiene ningún vínculo directo con la red al-Qaeda, aunque el líder de la JI es célebre entre los predicadores militantes por su afinidad ideológica con Osama bin Laden. Frecuentemente, Bashir ha declarado que la gloria supone “morir como mártir del Islam” y ha calificado a bin Laden como “verdadero combatiente musulmán”, y a Estados Unidos como “el auténtico terrorista”.

Los investigadores destacaron que Bashir será sometido a juicio por intentar derrocar el gobierno y por conspirar en el asesinato de la presidenta Megawati Sukarnoputri. El último cargo fue descartado posteriormente. Entretanto, Bashir ha rechazado los cargos, aduciendo que lo han convertido en chivo expiatorio y responsabiliza de su arresto a las presiones diplomáticas que ejerce Estados Unidos en Indonesia.

La fiscalía espera que el juicio comience a fines de abril. De ser hallado culpable, el líder islamista enfrentaría cadena perpetua. “Esperamos que la corte pueda conformar un jurado lo antes posible para iniciar el juicio”, dijo el fiscal Hasan Madani.

En los años de 1960 Bashir creó varias emisoras de radio piratas en las que hacía llamamientos a la jihad (Guerra Santa) en Indonesia. Entre 1978 y 1982 permaneció en prisión, sentenciado por intentar fundar una milicia islamista. Poco después de ser liberado volvió a ser sentenciado con pena carcelaria, por encabezar actividades políticas subversivas. Las actuales acusaciones no son novedad para Bashir, quien en 1985 escapó a Malasia, luego de que el gobierno del dictador Suharto lo acusara de subversión, y de planificar el establecimiento de un estado islámico en Indonesia, Malasia, Singapur y Filipinas. En Indonesia el 86% de la población es musulmana.

Casi tres docenas de personas han sido arrestadas desde el ataque en la discoteca de Bali, incluyendo a varios integrantes de la escuela religiosa de Bashir.

En la víspera de navidad de 2000, una serie de ataques con bomba contra iglesias -que dejaron un saldo de por lo menos 14 muertos. La violencia entre musulmanes y cristianos dejaba por entonces un saldo de más de 5.000 muertos. Por entonces, algunos observadores habían señalado que la coordinación de los ataques (de los que la fiscalía acusa a Bashir) hacía recaer las sospechas en sectores del ejército. De hecho, tras la caída del dictador Suharto, algunos sectores de las fuerzas armadas habían sido acusados de incitar al conflicto religioso tras la caída del dictador Suharto en 1998.